En el combate de Quebrada del Churo, Guevara fue herido de bala en su pierna izquierda, hecho prisionero junto con Simeón Cuba Sanabria (Willy) y trasladado a La Higuera donde fueron recluidos en la escuela, en aulas separadas. Allí colocarían también los cadáveres de los guerrilleros muertos y también sería recluido al día siguiente, Juan Pablo Chang. Entre las pertenencias requisadas por los militares estaba el Diario que el Che llevaba en Bolivia.
El 9 de octubre por la mañana el gobierno de Bolivia anunció que Ernesto Guevara había muerto en combate el día anterior. Simultáneamente llegaron el coronel Joaquín Zenteno Anaya y el agente de la CIA Félix Rodríguez. Poco después del mediodía el presidente Barrientos dio la orden de ejecutar al Che Guevara. Existen dudas y versiones contradictorias sobre el grado de apoyo que la decisión tuvo por parte de Estados Unidos,pero lo cierto es que, tal como está registrado en el propio informe secreto de Félix Rodríguez, la CIA estaba presente en el lugar. Fue el agente Rodríguez quien recibió la orden de fusilar a Guevara y quien la transmitió a los oficiales bolivianos, así como fue él también quien le comunicó al Che Guevara que sería fusilado.